1999 X-Men T0 : Les enfants de l'atome

Suite à l'incendie causé à Middletown par le jeune mutant Michael Thompson, les médias s'emparent du "Problème Mutant" et sèment le trouble. A la tête de ce mouvement, William Metzger, leader de la milice Anti-mutants.

De son côté, le Professeur Charles Xavier propose son aide pour encadrer de jeunes mutants afin de les intégrer dans la société en prenant poste comme conseiller d'éducation dans un lycée de Long Island, grâce à l'appui de l'Agent Duncan du FBI, qui malgré ce qui se passe, décide de lui faire confiance.

On y retrouve les jeunes Scott Summers (manipulé par un bandit qui la receuilli, profitant de ses pouvoirs), Hank McCoy (meilleur joueur de football de son école grace à sa morphologie spéciale) ainsi que Bobby Drake (qui est dépassé pas ses capacités et pense être malade).

Charles Xavier donne également des cours à domicile à Jean Grey (qui apprend à contrôler ses aptitudes pour s'intégrer dans la société).

Pendant ce temps, des manifestations anti-mutants se déroulent et la haine augmente.

Warren Worthington, célébrité le jour, joue les justiciers la nuit dans la rue tout en échappant aux sentinelles.

Après avoir essayé de convaincre Jean Grey de le suivre, le Professeur Charles Xavier commence par apprivoiser Scott puis décide d'aider Bobby, et ensuite recrute Warren et Hank afin de les rassembler dans son école pour leur apprendre à contrôler et utiliser leurs capacités, notamment dans la fameuse salle des dangers.

Des lynchages anti-mutants sont orchestré et après s'être attaqué au domicile de Warren Worthington, c'est la jeune Jean Grey qui est kidnappé chez elle en pleine nuit par des membres de la milice.

Charles Xavier est alerté et choisit de partir à son secours en laissant tomber pour le moment l'entraînement de ses élèves, qui malgré l'interdiction, décident de le suivre. Ils se retrouvent à devoir se battre avec un super soldat de la milice de Metzger tout proche de tuer Jean Grey et un autre mutant. Ils finissent par évacuer tandis que Magnéto débarque pour exterminer tout le monde, comme il vient de détruire un hangar remplis de soldats de la milice anti-mutants, puis s'occupe de tuer Metzger lui-même. Après quelques tentatives de recruter des mutants (comme Warren par exemple) dans son mouvement anti-humain, il n'arrive pas à convaincre Charles de se joindre à lui.

Suite à tous ces événements, Jean Grey se lance et rejoint l'école du Professeur X, qui fonde les X-Men.